Чапая Кубакаева призвали в армию спустя месяц после объявления Отечественной войны. Он попал в 336-ю стрелковую дивизию, в составе которой пробыл до февраля 1942 года. Совершенствовалась его профессия сапера, которая была знакома с довоенной службы в армии. Срочную службу в Красной Армии проходил в строительном батальоне. А потом – своя деревня Чашкино, родной колхоз... Односельчане знали Чапая Кубакаева как хорошего плотника.
Когда началась война, призвали в армию и его жену Гульсаску. Она пробыла в армии два года. А Чапаю Кубакаеву пришлось прошагать всю войну. С 1942 года, когда он был ранен и после излечения пришлось оставить службу в 336-й стрелковой дивизии, постоянно был сапером 250-й стрелковой дивизии. Сначала – на Северо-Западном фронте, потом – на Брянском, Белорусских фронтах. В основном командовал отделением, но и заменял командира взвода в 418-м отдельном саперном батальоне. Демобилизован в ноябре 1945 года в звании старшины. Получил военный билет в красной корочке, где кратко записаны военно-учетные сведения и другие данные о прохождении службы в Красной Армии.
Орден Славы III степени старший сержант Кубакаев получил за совершенные боевые подвиги в районе Озераны (Рогачевский район Гомельской области), где разыгрались в 1944 году тяжелые бои. Сначала – с февраля по июнь – в дни обороны, а с 24 июня – в наступлении. Дивизия 23 февраля подошла к реке Друть. Как только наши подразделения захватили небольшой плацдарм на западном берегу реки в районе Озераны, местечко Коноплицы становится ареной ожесточенных схваток. Немцы старались столкнуть наших воинов в реку и лишить занимаемого плацдарма.
Контратаки врага при поддержке танков и самоходных пушек следуют одна за другой. За день – до восьми атак. Отдельные подразделения дивизии под угрозой быть отрезанным от основных сил вынуждены были отойти назад. В этих боях бойцы и командиры проявили себя героями. Но и жертвы были большими. Командир дивизии позднее писал: «Опорный пункт Озераны не оставлялся, а личный состав 918-го 922-го стрелковых полков, героически сражавшиеся, почти полностью погиб, причем отдельные стрелки, бронебойщики и орудия продолжали, будучи в полном окружении, вести бой в течение нескольких часов, когда основные силы двух полков были уже уничтожены... «В результате были убиты 255 и ранено 1003 воина.
О трагической странице истории дивизии известно было и Кубакаеву. Когда началось наступление в ночь на 24 июня 1944 года, он со своим отделением проделал проход в минных полях и проволочных заграждениях противника. Направив пехоту в проход, саперы старшего сержанта Кубакаева обеспечили продвижение артиллерии по болоту, построили мостик через осушительную канаву и сопровождали через проходы.
При прорыве обороны противника в районе деревни Озераны старшина 922-го стрелкового полка В.С. Гришко совершил почти такой же подвиг и в последствии был удостоен звания Героя Советского Союза.
Старшего сержанта Ч.Г. Кубакаева из 418-го отдельного саперного батальона наградили орденом Славы 3-й степени. Приказ о награждении был подписан командиром дивизии 2 июля 1944 года. В том же году старший сержант Кубакаев был награжден орденом Красной Звезды. За то, что 10 октября он со своим отделением проделал проходы в минных полях и проволочных заграждениях для наших танкистов и пехотинцев.
«Несмотря на сильный минометный огонь противника, – говорилось и наградном листе, – отделение проделало два прохода, сняв при этом 18 противотанковых и 64 противопехотных мины, обозначив проходы, в дальнейшем отделение действовало впереди наступающей пехоты в составе передовых групп разминирования. Тов. Кубакаев проявил при этом личную инициативу, отвагу и мужество».
Кроме вышеназванных орденов, еще, будучи сержантом, в 1943 году он был награжден двумя медалями «За отвагу». Первый раз – по приказу командира 250-й стрелковой дивизии 27 июля 1943 года. В наградном материале имя земляка написано ошибочно: Кубокаев Тепай. Его подвиг в следующем: «Кубакаев с 11 на 12 июля под огнем противника делал проходы в минных полях и проволочных заграждениях противника, снял при этом 72 немецкие и русские мины, вырезал до 40 метров колючей проволоки.
14 июля разминировал брод через реку Неручь (Орловская обл.), снял 22 немецкие шпрингмины. 15 и 16 июля минировал передний край дивизии, поставил 87 противотанковых и противопехотных мин».
Второй медали «За отвагу» сапер Кубакаев был удостоен 2 сентября 1943 года.
Боевой путь дивизии в 1942-1944 годах связан с освобождением Бобруйска, Белостока, Остроленка, форсированием реки Свислочи, с боями по разгрому группировки врага в Восточной Пруссии юго-западнее Кенигсберга, а в апреле 1945 года – с действиями по ликвидации окруженной группировки немцев юго-восточнее Берлина. 7 мая на берегах Эльбы дивизия встретилась с войсками союзников. Уже после войны, 8 июня 1945 года, старший сержант Кубакаев по приказу командира 35-го стрелкового корпуса был награжден орденом Отечественной войны II-й степени.
Чапай Губаевич демобилизован 6 ноября 1945 года. Он снова работал в родном колхозе. Больше всего его уважали за честный труд. Вместе с женой Гульсаской Сайфуллиной вырастили четверых детей. Ч.Г. Кубакаев скончался возрасте 67 лет в сентябре 1981 года.